Las salas de habilitadas para las exposiciones son diez, y una para exposiciones temporales.
Las salas de exposiciones han sido preparadas de acuerdo con los requerimientos de un museo infantil y la museografía se encuentra fundamentada en un guión museológico acorde con las necesidades básicas de la niñez dominicana, en la que el respeto a la vida y a la naturaleza ha dado como resultado un museo de gran inclinación científica, ecológica y ética.
Dentro de las mismas se encuentran las salas: Universo, Planeta Tierra, , Paleomundo, Energía, Laberinto de Colores, Ecología, Parques Nacionales, Ser Humano y Sociedad y Tú.
Además el museo cuenta con salas para la realización de talleres infantiles, un cine teatro, un teatro al aire libre y los servicios de cafetería y biblioteca.